A proteção do bioma mata atlântica, nas vertentes de combate ao desmatamento e recuperação, também recebeu elevada atenção da instituição, sendo executados, em parceria com outros órgãos e instituições ambientais das esferas federal e estadual, os projetos Mata Atlântica em Pé e Mata Atlântica Viva.
O foco dos desmatamentos, antes concentrado no nordeste do Estado, encontra-se pulverizado no território mineiro. Dentre os municípios com expressivo índice de desmatamento, aqueles que foram alvos de operações por mais de uma vez apresentaram queda na área total desmatada. Tais alterações sugerem o poder coercitivo e a efetividade regional das operações. Além das fiscalizações, o CAOMA produziu um vasto material de apoio voltado para os Promotores de Justiça, com foco na investigação e na responsabilização dos autores de desmatamento irregular. Em uma atuação preventiva, o MPMG tem celebrado acordos com os gestores municipais para incentivar a edição, mediante lei específica, do plano municipal para conservação da Mata Atlântica.